Enquanto você provavelmente poderia substituir as dlls do WINE, não há como determinar quais delas podem ser substituídas, a menos que você seja um desenvolvedor do projeto Wine. Na maioria dos casos, as DLLs rodarão muito bem, ao agitar o sistema, é mais provável que você resolva bugs do que resolver seus problemas.
Se você perceber que um programa em particular está tendo dificuldades, talvez seja necessário determinar em que parte do programa o problema está acontecendo. Tente descobrir qual dll pode possivelmente estar relacionada ao problema e tente um link flexível e veja se isso resolve o problema.
Eu ficaria com o que o Wine recomenda explicitamente, se substituir as dlls funcionasse e fizesse uma melhoria, o Wine recomendaria elas mesmas.