Uma ferramenta melhor para o trabalho pode ser o rsync (você precisará instalá-lo em ambos os computadores). Eu uso para manter a pasta de música do meu laptop em sincronia com um servidor de arquivos, o que é bem parecido com a sua situação. O rsync é especializado em manter uma cópia espelhada atualizada.
Uma linha de comando como essa pode ser útil (supondo que você a execute do Ubuntu):
rsync -a --delete-before myMacMachineName:/MyMusic/ /mymusic/
É muito fácil alternar a linha acima se você quiser executá-la a partir do seu Mac e empurrar para o computador Ubuntu em vez de puxá-la.