Sua lacuna de desempenho corresponde a uma experiência comum quando o Samba (não seguro se este ainda é o padrão; foi por muito tempo) é configurado com o tamanho padrão do buffer de leitura e gravação de 1024 bytes.
Eu costumava ver isso frequentemente com máquinas Linux e Mac. Espero que ainda não seja esse o caso.
Existe um argumento de opção de socket no arquivo de configuração do samba, onde você pode definir o tamanho do buffer de leitura e gravação. Sugiro que você defina ambos para 8192 bytes (8 KiB). 4 ou 8 KB são frequentemente semelhantes, mas eu não testei isso em um link gigabit.
Além disso, não espere que uma única conexão TCP se beneficie de um link ligado, o tráfego quase sempre passa por um dos links; caso contrário, você acaba com muitos pacotes fora de ordem para lidar; Portanto, espere apenas um benefício de balanceamento de carga ao atender vários clientes. Mesmo assim, você deve procurar os diferentes modos de ligação, e saber que pelo menos para o "modo 4" (IEEE 802.3ad), existem basicamente dois modos de hash de transmissão, que determinam qual interface escravo enviar. Há hashing de camada 2 (padrão) e hashing de camada 3. Se enviar o volume de seus dados via gateway, o hash da camada 2 não será bem distribuído, pois o endereço MAC do gateway será o mesmo. Considere usar a camada 3 em vez disso.