O diretório /etc/X11/xinit/xinput.d é usado por im-config , pois im-config é:
configura a configuração do método de entrada para o X Window System
Isso permite que você selecione um método de entrada, executando os scripts salvos em /etc/X11/xinit/xinputrc . Por isso, deve ser instalado para funcionar. Em seguida, você pode configurar as preferências do sistema ou do usuário usando /etc/X11/xinit/xinputrc ou ~/.xinputrc . Para a substituição de xinput.d , eu usaria o sistema em /etc/X11/xinit/xinput.d/ , pois já está lá.
Não vejo nenhuma alteração relevante em nenhuma das fontes de xorg ou im-config que sugerem que ~/.xinput.d não funcionará. Você também deve verificar se o pacote xinput está instalado, portanto, xinput set-props pode funcionar.