É um recurso de segurança.
Ao usar a GUI, você está (normalmente) sentado na frente do computador em que está trabalhando. No entanto, ao usar um terminal, você pode estar fisicamente em uma máquina e remotamente usando outra. Você pode ter muitas janelas de terminal abertas em muitas máquinas diferentes. E se você digitar acidentalmente no reboot errado? Essa ação pode variar de um inconveniente a um desastre completo.
Ao usar o sudo, você usa uma senha. Se você digitar a senha errada, você receberá um erro e, com sorte, perceberá que está no terminal errado. É por isso que é uma boa prática ter uma senha de root diferente em todos os servidores.