Este é um tópico antigo, mas acrescentarei o que acabei de aprender para ajudar outras pessoas que vêm aqui.
Para o Debian, o problema com a resposta dada é que a mudança será desfeita na próxima vez que houver uma atualização no software. Na página man do update-rc.d
:
A common system administration error is to delete the links with the
thought that this will "disable" the service, i.e., that this will
prevent the service from being started. However, if all links have
been deleted then the next time the package is upgraded, the package's
postinst script will run update-rc.d again and this will reinstall
links at their factory default locations.
Acredito que é melhor usar a diretiva de desativação:
sudo update-rc.d apache2 disable
Isso tem a vantagem de que a diretiva enable
pode reverter a alteração.