Eu tenho o mesmo problema após a atualização de 15.10 para 16.04, mas parece que não está relacionado ao HorizResolution ou VertResolution.
No meu caso, foi um problema do perfil de aceleração do mouse (aceleração horizontal mais rápida que a vertical).
Basta desligá-lo e comparar os resultados:
xinput list
xinput set-prop 12 'Device Accel Profile' 0
xinput set-prop 12 'Device Accel Constant Deceleration' 2
Onde 12 é o seu ID de dispositivo do ponteiro do mouse.