Eu tive o mesmo problema.
Você precisará usar o Editor iMovie da Apple ou o Quicktime. em um Apple Quicktimepro está incluído gratuitamente.
Você pode comprar o Quicktime Pro para Windows - Você terá as mesmas experiências sem perdas para girar, cortar e re-salvar em um novo arquivo HD sem perdas.
Usando o iMovies - Ele irá republicar automaticamente o seu vídeo em um formato sem perdas, com transições, cortes, pastas, áudio, etc. Na orientação correta sem rotação manual.
Para o Windows ou outro sistema operacional, não há um método GRATUITO para fazer isso e é melhor usar a biblioteca do QuickTime o tempo todo.
Usando o windows .. você terá que re-codificá-lo --- eu procurei e procurei. apenas Quicktime irá reproduzi-lo na orientação correta .. mas você não pode dizer para corrigir o arquivo original. Parece um pouco estranho .. mas isso foi filosofy Steve Jobs .. Ele sempre funciona como você quer em um MAC;)