Minha resposta não exigirá software.
Como você é um jogador, eu suspeito que você esteja usando uma placa-mãe que tenha áudio a bordo. Você também pode usar uma placa de áudio separada (melhor som de fidelidade). Se não, eles não são uma compra cara.
Use um cartão (o de menor qualidade) para o Skype.
Use a placa de áudio de maior qualidade para o jogo.
Compre um cabo que combine entradas estéreo. Possui duas conexões macho (uma para conectar o áudio de cada placa). Eles são fisicamente combinados em uma única conexão para que seus fones de ouvido sejam conectados. Também compre um divisor estéreo. Isso permite que dois conjuntos de fones de ouvido sejam conectados à mesma fonte. Conecte o divisor na placa de áudio usada pelo jogo. Conecte um conjunto de alto-falantes em um lado do divisor. No outro lado, engate o seu combinador. Conecte o segundo lado do combinador no áudio do cartão de baixa qualidade. Conecte um conjunto de fones de ouvido ao combinador.
O combinador fornece áudio aos fones de ouvido de ambos os cartões.
O separador no cartão de alta qualidade permite que você tenha fones de ouvido conectados em um lado e alto-falantes do outro. Os alto-falantes tocarão os jogos de áudio. Isso será captado pelo microfone junto com sua voz.
Isto isola a saída de áudio (você pode ouvir seu amigo e o jogo), e seu amigo pode ouvir você e seu jogo, mas não ele mesmo.
Você já descobriu que não será capaz de fazer isso no software, neste momento parece que uma solução de hardware é necessária.