O USB 3.1 Gen 2 (SuperSpeed +, 10 Gbps) foi projetado para funcionar em ambos os cabos existentes USB 3.0 (aqueles com os 5 contatos extras), e Cabos USB Type C.
Como os cabos USB 3.0 existentes (aqueles com conectores Tipo A e B, bem como as variantes micro A e B) contêm apenas um par de pares super-velocidade (par Tx e par Rx), USB 3.1 Gen 2 só poderia usar esse par de pares e ainda trabalhar com cabos USB 3.0 existentes. Portanto, mesmo quando você executa o USB 3.1 Gen 2 através de um cabo com conectores tipo C, ele usa apenas o par de pares de super velocidade. Isso também possibilita ter cabos com capacidade para USB 3.0 / 3.1 com um conector Type C em uma extremidade, e os conectores anteriores tipo USB 3.0 Tipo A, B, micro A ou micro B na outra extremidade.
Agora você pode fazer uma pergunta de acompanhamento, "Por que o USB Implementers Forum (USB-IF, consórcio de padrões USB) definiu um sabor ainda mais rápido do que 10Gbps do protocolo USB, que usa pares de pares supervelocidade no conector Tipo C? " Essa é uma pergunta válida, mas não estou disposto a especular. Certamente teria sido um afastamento maior dos designs PHY USB anteriores, pois ele teria dois fluxos de dados de envio e recebimento separados que precisariam ser coordenados. Com efeito, seria um tipo de interface paralela, enquanto o USB tem sido tradicionalmente serial.
A maneira como você fez sua pergunta expôs alguns possíveis mal-entendidos que gostaria de abordar aqui:
I know that it is possible to run Thunderbolt 3 over any high-quality USB-C cable
Isso não é bem verdade. Há muitos cabos compatíveis com USB tipo C de alta qualidade que não são adequados para o Thunderbolt 3. O Thunderbolt 3 é limitado a comprimentos de cabo de ≤ 0,5m se você tiver um cabo passivo. Para ir mais longe do que isso (como 2m), você precisa de um cabo ativo mais caro (um cabo com chips IC especiais para ajudar no manuseio do sinal).
Why doesn't standard USB-C use both of the pairs
USB-C não é um protocolo. USB Type C é o nome de um conector e especificação de cabeamento; não é o nome dos protocolos usados nesses conectores e cabos. Ao fazer protocolos USB sobre cabos Tipo C, você está usando USB 3.1 Gen 2 (10Gbps "SuperSpeed +") ou versões anteriores de USB.