Isso soa como uma má ideia. Sim, você pode, mas você deve perceber que suporte NTFS no linux vem com esta ressalva:
Due to the complexity of internal NTFS structures, both the built-in 2.6.14 kernel driver and the FUSE drivers disallow changes to the volume that are considered unsafe, to avoid corruption.
que é em parte devido a:
Details on the implementation's internals are not released, which makes it difficult for third-party vendors to provide tools to handle NTFS.
Montei um volume NTFS no linux, e tive um problema no passado quando o sistema de arquivos não montava corretamente no linux, mesmo com a opção -f (força) . Eu tive que finalmente anexá-lo a uma máquina Windows e inicializá-lo no Windows, o que corrigiu isso.
Se você realmente precisa de um sistema de arquivos nativo do Windows para / home , minha preferência seria formatá-lo como fat32. Apesar de suas limitações, tem melhor suporte no linux.