Consegui fazer isso com o programa Avidemux (GUI)
Menu principal: áudio - > Selecione a faixa; você seleciona as faixas que deseja manter e salvar como um novo arquivo.
Apenas no caso, o Avidemux está no repositório padrão do Fedora Linux; Tenho certeza que é padrão no Ubuntu / Debian também.
Offmpeg (console) também é capaz de fazer isso:
$ ffmpeg -i arquivo.avi -map 0: 0 -map 0: 3 -codec copy -vcodec arquivo de cópia.1-track.avi
(mantendo a trilha de vídeo e a faixa de áudio # 3), mas em um dos meus arquivos, o resultado obtido com o Avidemux foi melhor.