Você provavelmente está sobrecarregado com um SSD que usa o infame controlador JMicron JMF602. O fato de ser um dispositivo SATA e USB é uma dica, já que o JMF602 é um dos poucos controladores com suporte a USB embutido.
O problema decorre do fato de que um controlador SSD não pode mais escrever dados na memória flash e como o seu controlador específico lida com isso. Como o controlador SSD não pode mais gravar dados no flash, ele precisa excluir os dados antigos primeiro. Mas outra limitação do flash é que o controlador SSD não pode excluir uma única página de dados de cada vez, mas tem que excluir um bloco inteiro (geralmente em torno de alguns megabytes) por vez. Para evitar isso, o controlador SSD grava os novos dados em um novo bloco e marca os dados antigos como inválidos. Em seguida, ele faz a coleta de lixo, que basicamente elimina blocos cheios de dados inválidos.
O problema específico que você enfrenta é quando não há novos blocos vazios para gravar dados quando você deseja gravar alguns dados no SSD. Todos os blocos são preenchidos com dados válidos e inválidos. O controlador SSD precisa passar pela coleta de lixo em um bloco em uso. O que ele faz é ler todos os dados de um bloco em um cache. Exclua dados inválidos no cache. Exclua todo o bloco de dados no flash. Em seguida, escreva os novos dados que você está escrevendo e os dados do cache para o bloco now clean. Se um monte deles acontecer ao mesmo tempo, o controlador fica sobrecarregado e basicamente pára de responder até que possa limpar o backlog.
Tudo isso acontece dentro do próprio SSD e é completamente escondido do sistema operacional. É por isso que não é possível encontrar as técnicas tradicionais de solução de problemas. Se todos os blocos no SSD tiverem dados neles, basta uma minúscula gravação para forçar o SSD a passar por toda a dança de leitura / exclusão / gravação, por isso você não viu grandes gravações acontecendo. SSDs modernos não têm o mesmo problema. Eles têm muitas técnicas incorporadas para evitá-lo, como coleta de lixo pró-ativa sofisticada, caches de RAM e provisionamento excessivo. Eles podem sofrer uma queda na velocidade de gravação, mas não o suficiente para congelar o sistema.
A má notícia é que não há nada que você possa fazer para consertá-lo além de atualizar para um bom SSD. É uma falha de design no próprio SSD. Você pode tentar minimizar a quantidade de gravações no SSD. Isso tornaria a gagueira mais rara, mas não a consertaria inteiramente.
A parte surpreendente é que em um PC de apenas 1 ano você tem um desses SSDs baseados em JMF602. Eles pararam de fabricá-los e vendê-los anos atrás.