Não é um usuário do Git, mas acredito que o Git armazena toda a máscara de permissão de arquivos.
Isso significa que você definiu o arquivo como executável, o qual o Git selecionou e replicou no repositório. Portanto, você deve alterar a máscara de permissão do arquivo antes de confirmar.
Para fazer com que o Git ignore tais mudanças, use
git config core.filemode false
De git-config (1) :
core.fileMode
If false, the executable bit differences between the index and the
working copy are ignored; useful on broken filesystems like FAT.
See git-update-index(1). True by default.