Estou enfrentando exatamente o mesmo problema.
Encontrou esta solução:
link (Como alterar a cor da janela ativa no painel xfce?)
Ele exige que você esteja ciente do tema que está usando e, em seguida, altere o arquivo chamado panel.rc.
Ele está localizado em (você deve editar o arquivo como root): /usr/share/themes/theme_name/gtk-2.0
Encontre a linha com as instruções para a cor bg [ACTIVE]. Altere o código hexadecimal da cor e salve o arquivo.
Em seguida, você deve sair e entrar novamente. A cor deve estar como você definiu no arquivo ...
Espero ter ajudado você.