A maioria dos clientes comuns de linha de comando deve compilar no cygwin no Windows. Eu tenho rtorrent executado desta forma em algumas máquinas Windows.
Editar: outro pensamento: eu suponho que os clientes baseados em Python também devem ser executados no Windows se você instalar o Python. Embora fora de minha cabeça, não consigo pensar em um cliente que seja mantido ativamente (o cliente "oficial" original era baseado em Python, mas o IIRC uTurrent substituiu isso).