Desculpe, o Windows não pode manipular mais de 80 mil arquivos em uma pasta, de forma simples e eficiente (em um servidor Xeon de 2,8 GHz com 4 GB de RAM, pelo menos)
Começa a falhar e queimar perto de 60k.
Em 200k, leva 2 dias para enumerar a pasta. Tivemos esse problema com a pasta do badmail usando o Windows Exchange. A única maneira de superá-lo é criar milhares de pastas (que podem ser bem manuseadas) com arquivos dentro dessas pastas com mais pastas.
Caso contrário, você deve considerar seriamente descarregar esses dados em um arquivo SQL, usando o SQLExpress que é gratuito ou o MySQL que também é gratuito. Escreva um programa pequeno para lidar com isso e você estará pronto - foi o que fizemos com nossos arquivos de 200k e agora temos mais de 12 milhões de emails classificados, com acesso rápido.