O repositório de parceiros da Canonical contém software de terceiros de código fechado que não custa dinheiro. A Canonical não tem acesso ao código-fonte, eles apenas empacotam e testam e podem fornecer feedback e ajudar o autor se houver problemas.
Para as fontes, você pode deixá-las desmarcadas se não planeja fazer nada com o código-fonte do software nos repositórios.