Em Configuração do PuTTY (inicie o PuTTY sem quaisquer opções ou sessões), você tem uma sessão chamada Configurações Padrão . Basta alterar a configuração em Terminal -> Bell
para Visual Bell (flash window)
e, em seguida, voltar para a seção Session do PuTTY Configuration e salvá-lo como as novas Configurações padrão .
Depois de fazer isso, todas as futuras sessões terão esta desativada por padrão.