Acho que provavelmente é porque você está pedindo explicitamente que grep pesquise recursivamente de /var e /var/run não corresponda a um SUBDIRETÓRIO em /var .
Veja a página man do grep, que diz:
--exclude-dir=glob
[..] skip any subdirectory whose base name matches glob. [..]
FIX
Portanto, para corrigir seu comando, altere o padrão de exclusão, por exemplo:
sudo grep -IR --exclude-dir="run" '45.78.157.165' /var | egrep -v '(audit|access)'