A única maneira que posso ver para tornar isso possível é usar os mecanismos de proteção de senha do Parallel ATA (também conhecido como IDE). A especificação PATA permite definir uma senha de disco rígido:
hard drive passwords and security
The disk lock is a built-in security feature in the disk. It is part of the ATA specification, and thus not specific to any brand or device.
( link )
Se o disco estiver protegido por senha, você precisará da senha para desbloqueá-lo antes que possa ser acessado.
No entanto, eu prefiro aconselhar contra isso: Esse recurso do ATA raramente é usado e você precisa de um software especial no computador host para usá-lo (o que normalmente precisa de privilégios de administrador para instalar no computador host). Também não tenho certeza se ele funcionará com unidades removíveis, e acredito que o Serial ATA não o tenha. Finalmente, ele pode ser derrotado usando um software especial (ou consertos de hardware) na maioria das unidades (embora isso possa ser complicado).
Além disso, não acredito que exista uma solução para o seu problema. Se você quiser impedir que outras pessoas leiam ou manipulem os dados, a criptografia (especificamente a criptografia completa de disco / FDE) é o caminho a seguir, por exemplo, TrueCrypt. Isso é razoavelmente compatível entre plataformas, utilizável e seguro. No entanto, não impedirá que alguém formate o disco.
Quanto à proteção da formatação:
Se você deseja impedir que as pessoas destruam os dados na unidade, você precisa mantê-las fisicamente protegidas de qualquer maneira. Se alguém quiser destruir os dados, eles podem danificar a unidade ...