Sim, o Ubuntu funcionará razoavelmente bem em uma unidade externa, desde que você use uma interface razoavelmente rápida. Eu realmente sobrevivi por algumas semanas em uma unidade flash USB 2.0 de 8GB como minha unidade de inicialização e, embora fosse lenta, não era tão horrível. Agora, se você tiver a escolha, você deve optar pelo USB 3.0 ou (e) SATA, já que o desempenho do USB 2.0, avaliado em 480 Mb por segundo, será muito mais lento na vida real. Você terá alguns problemas de velocidade, mas apenas durante o acesso ao disco rígido. O Linux tem um bom armazenamento de arquivos, e depois que o programa é carregado / o arquivo é aberto, você terá o mesmo desempenho que você faria de outra forma.