cron não lê arquivos de inicialização do shell. Você precisa definir explicitamente o ambiente de que precisa no crontab ou no script que está sendo executado. Você pode colocar instruções de atribuição de variáveis diretamente no crontab :
PYTHONPATH=/dir1:/dir2
Cada diretório que você precisa terá que ser listado, porque você não pode anexá-lo, pois o valor anterior não está disponível.