Eu tenho um problema semelhante, pois meu site é atacado por bots, usando todos os meus processos httpd.
Eu fiz um script de shell simples para lidar com isso, matando todos os processos do httpd a cada dez minutos. (Eu sei, não é uma correção adequada, mas estou mudando os provedores para um que me dará suporte de firewall adequado, por isso não quero investir nada em uma correção adequada agora.)
Isso é o que eu uso:
while [ 1 ]; do uptime; killall httpd; psg httpd | wc; sleep 600; done
Os comandos "uptime" e "psg httpd | wc" simplesmente fornecem um rastreio no terminal e são desnecessários. "psg" é uma função que simplesmente executa ps e o usa para o argumento, então ele imprime o número de instâncias do processo "httpd" que estão sendo executadas.
Para os seus propósitos, tudo que você precisa é o "killall" e alterar "600" para o número de segundos que você quer esperar entre matar os processos.
while [ 1 ]; do killall name_of_executable; sleep 600; done