O desfragmentador não verifica o disco - você é aconselhado a executar o chkdsk antes de desfragmentar.
E não, não há alternativa ao chkdsk. É o único que verifica o sistema de arquivos. Embora existam algumas outras ferramentas que verificam o próprio disco rígido, setor por setor, nenhum verifica a integridade do sistema de arquivos, bem como o chkdsk.