Na minha pasta .cache , no Kubuntu, existem arquivos do Chromium (navegador da internet), VLC (media player) e arquivos do apt (atualizações de pacotes).
Acabei de excluí-los e tentei usar o Chromium, o VLC e o apt-get . Todos eles "parecem" funcionar.
P.S. Isso está longe de ser uma boa resposta, uma boa resposta deve dar uma explicação por que há a pasta .cache padrão e quando e como ela deve ser excluída.
P.P.S. Se você está pensando em apenas excluí-lo, certifique-se de verificar quais programas estão sendo usados e reinicie-os.