De tudo que consegui encontrar (documentos do google e gtk), parece que você encontrou exatamente o motivo pelo qual extensões instaladas via navegador da Web não podem armazenar configurações via dconf / GSettings - você precisa instalar Esquemas dconf no nível do sistema. Não parece haver uma maneira de ter esquemas por usuário - o dconf usa apenas o único arquivo binário compilado.
A declaração sobre adicionar suporte para isso no Gnome 3.4 leva-me a acreditar que eles vão a) implementar um método alternativo para extensões para armazenar configurações, ou b) estender o GSettings / dconf de uma maneira que permita aos usuários instalar / compilar esquemas sob $ HOME.
Se alguém puder confirmar isso (ou refutar, com indicações para a documentação), eu e muitos outros, tenho certeza, agradeceria.
Este post menciona a limitação, mas não explica exatamente por que ... html "> link