Eu recomendaria o Process Explorer . Ele é substituto do Gerenciador de Tarefas e, entre vários recursos, ele rastreia estatísticas de E / S. Isso deve permitir que você encontre qual programa é problema.
Depois que você souber qual programa é o culpado e precisar de mais detalhes, poderá controlar quais arquivos exatos são problemáticos por meio de Process Monitor (filtrado para o programa exato, caso contrário, haverá muitos dados).