Não é óbvio, mas você pode corrigir o recurso "desativar o console" :
In the Console, press F3 or F7 and check "Hide toggled Console" in the appeared bottom controls. (Or you can press Ctrl+T in the Console to get the same effect.)
Você também pode impedir que o console apareça automaticamente para um determinado script, incluindo a seguinte linha na parte superior do seu código NppExec:
NPP_CONSOLE 0