De acordo com o Wiki do Homebrew , você precisa usar uma versão do Xcode ≥ 4.1 quando rodar o OS X Lion.
Eles realmente dizem…
Note that using an XCode older than 4.1 on 10.7 may cause build errors.
... mas a mensagem "aviso" provavelmente é enganosa. Tente atualizar o Xcode para a versão mais recente através da Mac App Store.