Não há como copiar exatamente os arquivos NTFS, passando pelo Linux. Até mesmo o Wine , a camada de compatibilidade do Windows no Linux, funciona convertendo permissões de ida e volta entre o Linux e o Windows, e por isso é limitado ao seu mínimo denominador mínimo comum.
A única solução que consigo ver é rodar o Windows no Linux dentro de uma máquina virtual (ou física).
Eu acredito que você mencionou essa possibilidade em seu post e prefere para evitá-lo, mas não vejo outra possibilidade. Apenas o Windows pode copiar exatamente arquivos NTFS; O Linux só é capaz de copiar partições NTFS.
Este artigo pode ajudar: Como instalar e executar o Microsoft Windows gratuitamente no Linux usando máquinas virtuais gratuitas disponibilizadas para o download pela Microsoft .