Se você tem um arquivo torrent que duas pessoas separadas estavam baixando em sistemas diferentes, e quer trazer o que a pessoa B baixou para o sistema da pessoa A, o simples e direto A coisa óbvia é simplesmente copiar os arquivos de B para o torrent de A diretamente e depois retomar o torrent no sistema da pessoa A. Todos os programas de pares Bittorrent que eu usei varrerão arquivos quando eles começarem a descobrir onde eles estão no arquivo. Então, retomar a partir de arquivos não é um problema.
Mas - isso irá ajudá-lo somente se o torrent consistir em um número de arquivos e a pessoa B tiver um número de arquivos completos, ou um número de arquivos incompletos que A não iniciou o download.
Se você substituir os arquivos da pessoa A por arquivos com o mesmo nome da pessoa B, você não "combinará" o que já foi baixado entre eles. Você estará onde a pessoa B parou com esse arquivo.
Se o seu torrent é simplesmente um arquivo muito grande, isso não vai ajudá-lo, você simplesmente estará assumindo o lugar em que B parou o download.
Caso contrário, procure em mergetorrent como sugerido por @Alexey Markov nos comentários. Eu não usei esse utilitário, mas parece fazer o que você quer.