Primeiro, nem todo o contêiner é alterado quando você edita um arquivo pequeno. Isso geralmente acontece em conexão com o Dropbox. O Dropbox envia somente blocos alterados (a criptografia TrueCrypt é uma cifra de bloco) do Contêiner. Aqui está um tópico no fórum do dropbox falando sobre isso. Mas eu não sei se existem soluções de backup incremental sofisticadas o suficiente para procurar por blocos alterados em arquivos.
Em segundo lugar, você pode fazer um backup do contêiner montado em outra unidade criptografada. O software de backup padrão deve ser suficiente.