Você pode ir para o menu Firefox > Preferências (ou Opções, não se lembra quais), aba Abas e marcar "Avisar quando fechar múltiplas abas". No entanto, mesmo que o aplicativo do Firefox seja encerrado, se várias guias estiverem abertas, você ainda será avisado.
Se você fechar o Firefox com freqüência suficiente para que isso seja chato, lembre-se de acessar o menu Firefox- > Histórico- > Janelas fechadas recentemente para ver e reabrir janelas fechadas recentemente. Você pode fazer a mesma coisa usando Ctrl + Shift + N, acredito (se esse não for o atalho correto, o correto deve ser impresso à direita da última janela fechada).