O que você está realmente procurando é um 'formato intermediário'. Para áudio, isso normalmente significa descompactá-lo para áudio PCM (bem, idealmente, deve significar não compactá-lo em primeiro lugar):
ffmpeg -i input.file -c:a pcm_s16le output.wav
Para vídeo ... bem, às vezes é possível usar um vídeo bruto ou um codec sem perdas como o huffyuv, mas geralmente você usa um codec intermediário matematicamente com perdas, mas sem perda visual, como DNxHD ou Apple Prores. AFAIK Premiere suporta ambos, mas já faz anos que eu usei para que eu pudesse estar lembrando errado. Para converter um arquivo de vídeo arbitrário em um AVI com vídeo DNxHD e áudio PCM bruto:
ffmpeg -i input.file -c:v dnxhd -c:a pcm_s16le intermediate.avi
Para usar um arquivo MOV com o Apple ProRes e áudio PCM bruto:
ffmpeg -i input.file -c:v prores -c:a pcm_s16le intermediate.mov
EDIT: ... na verdade, pensando nisso eu acredito que o Premiere não exige o uso de um codec intermediário, ele deve ser capaz de editar os formatos mais comuns (incluindo o vídeo MPEG2 usado em DVDs). Dito isso, os formatos intermediários são muito úteis - eles reduzem a carga nos recursos de processamento do computador, já que eles usam algoritmos relativamente simples.
Is premiere a suitable program to handle cropping, encoding, or should other tools be used for this, when making a video montage from a variety of source formats?
O Premiere é uma ferramenta absolutamente fantástica para esses trabalhos, você pode editar um filme de longa metragem facilmente. Eu classificaria isso com o FCP.
Se você quiser fazer as coisas programaticamente (ou seja, automatizar a redução ou corte de vídeos), então uma ferramenta de linha de comando como ffmpeg pode ser melhor; mas para a edição "criativa", um NLE como o Premiere é definitivamente o caminho a seguir.
EDIT2: Uma vez que você mencionou o vídeo entrelaçado, você pode desentrelaá-lo com o ffmpeg usando o filtro de vídeo yadif (ainda outro filtro de entrelaçamento). Eu não tenho certeza se é necessário para uso com o Premiere (provavelmente não é), e usar isso na entrada progressiva irá gerar uma saída horrível (então certifique-se de saber seu vídeo entrelaçado), mas por completo:
ffmpeg -i input.file -filter:v yadif -c:v dnxhd -c:a pcm_s16le intermediate.avi
Isso funcionará igualmente bem com o ProRes, ou mesmo qualquer codec de vídeo que o ffmpeg possa gerar.