Experimente o MediaMonkey . Se você ler este tópico no Lifehacker, ele é altamente recomendado. Possui scripts para identificar duplicatas por metadados e valores de hash. A versão gratuita do MediaMonkey faz tudo que você precisa.
A vantagem de usar o MediaMonkey é que você pode fazer muito mais com ele. Você pode adicionar informações de metadados à sua música, encontrar e adicionar arte de álbum (fica ótimo quando você tem toda a sua biblioteca de músicas assim), renomeie automaticamente os arquivos com base em metadados. É um aplicativo de organização incrivelmente poderoso; na minha cabeça, nada chega perto (acredite, eu tentei muitas coisas).