Eu tive o mesmo cenário que você (HD de 64 GB + 750 GB) e estava fazendo uma instalação limpa.
Primeiro, movi meus arquivos de dados antigos do perfil de usuário da unidade de sistema operacional anterior para pastas com nomes semelhantes na segunda unidade. Por exemplo, copiei C: \ Users \ Me \ Documents para D: \ Documents.
Depois, usei o recurso de biblioteca no Windows 7 para adicionar as pastas de dados às bibliotecas apropriadas. Isso é fácil de fazer. Depois de inicializar o sistema Windows 7, acabei de usar o Windows Explorer para encontrar a pasta D: \ Documents. Em seguida, cliquei com o botão direito em D: \ Documents e selecione "Incluir na biblioteca" > "Documentos".
Você também pode configurar o local de salvamento padrão por biblioteca para que os programas que acessam a biblioteca salvem automaticamente seus arquivos na segunda unidade. Clique com o botão direito na biblioteca e escolha "Propriedades". Quando a janela de propriedades aparecer, você verá uma lista de todos os locais incluídos na biblioteca. Por padrão, o Windows 7 inclui a pasta do seu perfil (C: \ Users \ Me \ Documents) e uma pasta do perfil padrão (C: \ Users \ Public \ Documents). Você também deve ver a pasta que acabou de adicionar (D: \ Documents). Clique em D: \ Documents e, em seguida, clique no botão "Set Save Location" e, em seguida, clique em OK.
Você pode fazer o mesmo com as bibliotecas "Música", "Imagens" e "Vídeo". E se você quiser realmente enlouquecer, também pode criar suas próprias bibliotecas. Por exemplo, eu criei um chamado "Software" onde salvei todos os meus arquivos Setup, Installer e ISO.
Funciona muito bem para mim. Meus arquivos estão na outra unidade e eles ainda são fáceis de encontrar. Veja um artigo com mais informações: Foco de recursos do Windows 7: bibliotecas