Sim, um cooler para laptops pode ajudar. A execução a quente pode levar a problemas de desempenho e menor vida útil do equipamento. Eu não tenho experiência em primeira mão com problemas de calor em um laptop real (ainda). Um laptop mais antigo que eu tenho tende a ficar muito quente (muito quente para tocar na parte de baixo) se eu não usar um cooler, mas com o cooler ele fica razoavelmente legal.
O exemplo mais recente de problemas de equipamento devido ao calor excessivo que eu vi foi em um roteador sem fio que eu tenho. Alguns meses atrás, algumas coisas foram colocadas próximas a ele, bloqueando sua ventilação. Começou a ter problemas - frequentes desistências, por exemplo. Quando eu verifiquei, achei que estava extremamente quente ao toque. Eu mudei para um lugar onde não pode ser cercado de coisas e tem funcionado sem problema desde então.
Um benefício colateral é que o cooler laptop que eu tenho fica sob o meu laptop e me permite alterar o ângulo do sistema. Isto contribui para uma melhor ergonomia. (Já tendo problemas nos olhos e CTS, eu aprecio isso.)