Isso foi corrigido no Mavericks. Para controlar em qual tela as janelas de um aplicativo aparecem, mova o cursor para o ícone do Dock para esse aplicativo. Clique com o botão direito do mouse (ou pressione Ctrl e clique) no ícone e selecione Opções > Área de trabalho na exibição 1 (ou 2). Você também tem a opção de atribuir a todos os desktops ou a nenhum.