Muitas unidades USB "pen" são muito lentas, especialmente para escrever, portanto, pode ser que você possa fazer muito pouco além de tentar uma unidade mais rápida.
Para responder à sua pergunta direta: Você pode obter uma imagem do que está acontecendo em disco com iotop -o - se deixado em execução durante períodos de maior movimento que mostrará quais processos estão executando ativamente as leituras de disco / escreve e quanto. Isso pode destacar algum processo ou serviço que você pode fazer sem e desligar para ajudar as coisas. Há algumas tarefas crônicas em muitas configurações do Linux que varrem uma parte do filesytsem (se não todas elas) ocasionalmente para atualizar caches de pesquisa (como a tarefa updatedb que atualiza os dados usados por comandos como locate ) - se você achar que um deles está causando lentidão, eles podem ser removidos com segurança da lista de coisas do cron para serem executados regularmente.
Quanta RAM você tem na máquina de destino? Se for uma pequena máquina com essa medida, isso não ajudará, pois haverá pouco espaço para as leituras de cache (para que as coisas sejam lidas novamente um pouco mais tarde, é necessário vir do pendrive USB em vez de uma cópia em cache na RAM). / p>
Você também pode tentar uma versão reduzida do Ubuntu, especialmente se estiver em uma situação de pouca RAM, mas também pode ser útil se você tiver muita memória RAM, mas a (s) unidade (s) lenta (s) reduzindo o tempo de inicialização. lubuntu é uma escolha popular para isso - todos os pacotes usuais estão disponíveis se você precisar deles, mas ele instala menos por padrão, inicia menos serviços na inicialização por padrão, e usa um ambiente de área de trabalho de menor peso (tudo que não seja essas mudanças é o mesmo, então você deve achar isso relativamente familiar mesmo que o Ubuntu seja a única variante do Linux com a qual você tenha muita experiência).