O Windows normalmente usa cerca de metade da memória para armazenar arquivos em disco em cache.
Isso significa que, ao copiar, o Windows lê e grava muito rapidamente os dados, mas isso é uma ilusão, pois os dados são copiados apenas para a memória. Quando o cache de memória está cheio, o Windows precisa esperar por algumas gravações no disco para terminam fisicamente para liberar espaço de cache, que é quando o o slow-down começa a ser sentido.
A operação de cópia neste momento será feita em surtos: Lendo rapidamente para a memória, espere, repetindo-se novamente até a cópia terminar. A velocidade exibida nesta fase depende da quantidade de memória do computador: Quanto mais memória houver, mais visíveis serão os picos.
No caso de cópia de rede, como a gravação física é mais lenta e pode levar mais tempo para que a velocidade total seja atingida, há muitas outras variáveis que podem afetar a velocidade da cópia, relacionadas à natureza da conexão.
Este comportamento está embutido no Windows e não pode ser alterado. Alguns produtos de cópia de arquivos afirmam ser capazes de copiar mais rapidamente do que a cópia do Windows, mas os que eu tentei só pareciam um pouco mais rápidos. Se você quiser experimentar alguns deles, veja: Melhor utilitário de cópia gratuita de arquivos .
Para terminar, aqui está um desenho animado famoso: