1) Sim, é possível acessá-lo a partir do Liunx. Como outros explicaram, o ntfs-3g é capaz de lidar com ntfs comprimidos.
2) confiabilidade: a compactação está no ntfs por um longo tempo agora (desde o Windows NT, veja link ) . Não vejo nenhum problema de confiabilidade no Windows. Não tenho certeza sobre implementações que não sejam do Windows (por exemplo, linux). Se a sua única preocupação é ler os dados no linux, isso não representa problema de confiabilidade (a montagem somente leitura é uma boa idéia ao restaurar backups de qualquer maneira).
Os dados também são compactados no nível do cluster, que geralmente é de 4 kiB. A corrupção física do disco afeta apenas clusters únicos, não arquivos inteiros. A este respeito, o ntfs comprimido deve ser tão confiável quanto o não-comprimido.
3) Desempenho: O artigo da KB que você cita diz que o desempenho pode ser afetado em um sistema servidor , onde a CPU já está saturada. Em um sistema de desktop com uma CPU atual, conforme descrito, o uso de ntfs compactados para backups não deve ter nenhum impacto significativo no desempenho. Pelo contrário, se você armazenar dados compactáveis, você pode realmente ganhar desempenho, pois você tem menos E / S. Isso é especialmente verdadeiro se a interface (USB 2.0) for lenta em comparação com a CPU. Eu acho que sua CPU deve facilmente ser capaz de saturar um link USB 2.0 escrevendo ou lendo ntfs comprimidos.
4) Se você definir o sinalizador de compactação para todo o sistema de arquivos, não deverá ter o problema de arquivos movidos não compactados.