Eu tive exatamente este mesmo problema. No SpaceMonger, estava mostrando a pasta $ recycle.bin ocupando muito espaço, embora eu tenha definido as configurações da lixeira para essa unidade para "excluir as coisas imediatamente". Foi assim que acabei excluindo-a, pois ela não aparecia no Windows Explorer, mesmo com arquivos ocultos mostrados.
no CMD ...
D:\>rd $recycle.bin /s/q
rd é o comando, D é a localização atual do cmd 'cursor' e é claro que $ recycle.bin é a pasta, / s diz para ele também fazer todos os subdiretórios, e / q diz para ele apenas calar e exclua as coisas sem avisar você.
Estranhamente a primeira vez que executei o SpaceMonger depois de executar este comando ele ainda apareceu, mas no CMD quando tentei navegar para o diretório que ele disse não encontrado. Então finalmente o SpaceMonger me alcançou.