Você pode receber uma mensagem de erro tão oculta por vários motivos. Se funcionar com o plink original, é provável que haja algo errado com o TortoisePLink e a resposta de Sam possa ajudar.
No entanto, não é (inteiramente) verdade que você precisa de putty de 64 bits com o TortoisePLink de 64 bits. Estou felizmente cometer TortoisePLink de 64 bits tirando as chaves do concurso de 32 bits.
Você não está listando o URL completo do repositório e as informações de conexão usadas com o putty. Talvez haja uma diferença sutil que faz com que um se quebre enquanto o outro funciona.
Geralmente, a mensagem de erro informa que não há correspondência entre as chaves do servidor e as chaves do cliente. Uma instância em que é provável que isso aconteça é quando você usa um nome de usuário incorreto (por exemplo, [email protected] em vez de [email protected]).