De improviso, acho que seria necessário algum trabalho para fazer exatamente o que você pede. Não sei quais eventos são disparados quando a janela ativa é alterada, se houver. Você provavelmente precisaria de um applescript que fizesse polls para encontrar a janela atual, a exibição está ativada e, em seguida, redesignará o Growl.
No entanto, se você estiver executando um recente osx e o último Growl (4.x), torne o ícone visível no dock, clique com o botão direito e atribua a ele a todos os displays.
Suas notificações podem aparecer em todos os lugares.