Eu não pareço ter a configuração mencionada por Shawn, mas consegui fazer isso funcionar abrindo o diretório /usr/lib/slack/resources/app.asar.unpacked/src/static , fazendo uma cópia do arquivo slack-taskbar-rest.png e renomeando-o para slack-taskbar-unread.png para sobrescreva a versão com o ponto azul.
é claro, que se livra do ponto azul para todas as equipes, mas é o que eu queria.
