Na maioria dos casos, você não precisa remover esses pacotes. Esse aviso apenas significa que esses pacotes não estão mais no componente main do Ubuntu, e foram rebaixados para Universe (veja esta página para mais informações sobre componentes), o que significa que o suporte para eles ainda está disponível na comunidade Ubuntu.
Se você ainda quiser removê-los, poderá descobrir quais pacotes eles estavam consultando o log de atualização (/var/log/dist-upgrade/main.log) no qual você encontrará uma linha que começa com "rebaixado:" contendo uma lista dos pacotes rebaixados.
Se você quiser remover pacotes absolutamente não usados, sudo apt-get autoremove
fará isso.