No Ubuntu, você pode abrir um terminal, navegar até o diretório em questão e fazer o seguinte loop de comando:
for f in *.flac; do ffmpeg -i "$f" -acodec alac "${f%.flac}.m4a"; done
Isso converterá todos os arquivos .flac desse diretório em arquivos .alac e o fará de uma maneira 'pouco perfeita'.
ffmpeg
não vem empacotado com o Ubuntu, então você precisa instalá-lo nos repositórios.
Eu não posso dizer com certeza, no entanto, que isso manterá suas informações de tags do BPM.
Also, it would seem that getting iTunes to play FLAC files (and properly downconvert them to use space efficiently on my iPod) is pretty much impossible.
Existe um programa chamado flukeformac que pode permitir que você reproduza arquivos .flac no iTunes.
Quanto à conversão para uso eficiente do iPod, o seguinte loop de comando fará o seguinte:
for file in *.flac; do $(flac -cd "$file" | lame --preset fast extreme - "${file%.flac}.mp3"); done
Aqui você pode querer substituir a opção --preset fast extreme
por outra opção de taxa de bits mais baixa. Mais sobre lame
predefinições podem ser encontradas aqui .