mesmo que você já tenha aceitado essa resposta, outra possibilidade é que o Ubuntu monte automaticamente sua partição do Windows no boot e use o mesmo arquivo de favoritos no Windows para o Firefox que você instalou no Ubuntu. Para conseguir isso, você pode simplesmente remover o arquivo de favoritos do Ubuntu e substituí-lo por um link simbólico que aponte para o arquivo de favoritos na partição montada do Windows 7. Apenas um pensamento.