Você pode usar a tabela de partição GUID em vez da tabela de partições MBR. A GPT pode manipular 128 partições por padrão, mas você pode aumentar esse número redimensionando o tamanho da tabela de partição, conforme declarado neste este artigo postado nos comentários por @Vality.
Observe que a GPT é relativamente nova e sistemas operacionais mais antigos podem não conseguir lidar com isso corretamente. Em alguns casos, o seu GPT pode ser totalmente destruído se o software não o suportar.
Um menu grub que inicializa mais de 100 sistemas de DOS, Windows, Linux, BSD e Solaris (tópico do fórum) pode ser útil se você quiser manter o MBR.